Одомашнений кляпний ген ретротранспозонів дрозофіли LTR залучений у відповідь на окислювальний стрес

Робочий процес для пошуку та аналізу груп спільної експресії для гена Gagr та генів з індукованою вірусом експресією. DEG - гени, що експресуються по-різному; TFBS - сайти зв'язування фактора транскрипції.

Кластери коекспресії генів з індукованою вірусом експресією (згідно з GEO: GSE2828, GSE31542, GSE42255). Гени в кластері з Gagr (кластер 2) позначені зеленим кольором, ген Gagr - червоним.

Аналіз промоторних областей гена Gagr та його ортологів. (A) Локалізація сайтів зв'язування для факторів транскрипції Dif, kay та Stat92E в промоторі гена Gagr. (B) Філограма на основі промоторних послідовностей гена Drosophila Gagr; Представлено значення гілки bootstrap (кількість реплік bootstrap 1000).

Вирівнювання промоторних регіонів Gagr для різних видів дрозофіл. Характеристики, позначені кольором: TFBS - сайти зв'язування фактора транскрипції; Dme_TSS_and_5’-UTR - сайт початку транскрипції та 5’-нетратльований регіон D. melanogaster Gagr; ORF - відкрита рамка читання.

Анотація

Робочий процес для пошуку та аналізу груп спільної експресії для гена Gagr та генів з індукованою вірусом експресією. DEG - гени, що по-різному експресуються; TFBS - сайти зв'язування фактора транскрипції.