Всеатомна енергетична функція Розетти для високомолекулярного моделювання та дизайну

Історія публікацій

Перегляди статей

Альтметричний

Цитати

Перегляди статей - це сумісна з COUNTER сума повнотекстових завантажень статей з листопада 2008 року (як PDF, так і HTML) для всіх установ та приватних осіб. Ці показники регулярно оновлюються з урахуванням використання до останніх кількох днів.

Цитати - це кількість інших статей, що цитують цю статтю, розрахована Crossref і оновлюється щодня. Знайдіть більше інформації про кількість посилань Crossref.

Альтметричний показник уваги - це кількісний показник уваги, яку дослідницька стаття приділяла Інтернету. Клацнувши на піктограму пампушки, ви завантажите сторінку на altmetric.com із додатковими відомостями про оцінку та присутність у соціальних мережах для даної статті. Знайдіть більше інформації про показник висоти уваги та про те, як обчислюється рахунок.

Анотація

Протягом останнього десятиліття набір біомолекулярних моделей Rosetta поінформував про різноманітні біологічні питання та інженерні завдання, починаючи від інтерпретації структурних даних з низькою роздільною здатністю і закінчуючи розробкою наноматеріалів, білкової терапії та вакцин. Центральним для успіху Розетти є енергетична функція: модель, параметризована з даних малих молекул та рентгенівської кристалічної структури, яка використовується для апроксимації енергії, пов’язаної з кожною конформацією біомолекули. У цій роботі описані математичні моделі та фізичні концепції, що лежать в основі останньої енергетичної функції Розетти, яка називається Енергетична функція Розетти 2015 (REF15). Застосовуючи ці концепції, ми пояснюємо, як використовувати енергії Розетти для виявлення та аналізу особливостей біомолекулярних моделей. Нарешті, ми обговоримо останні досягнення енергетичної функції, які розширюють її можливості від розчинних білків, включаючи також мембранні білки, пептиди, що містять неканонічні амінокислоти, малі молекули, вуглеводи, нуклеїнові кислоти та інші макромолекули.

Довідкова інформація

Додаткова інформація доступна безкоштовно на веб-сайті публікацій ACS за адресою DOI: 10.1021/acs.jctc.7b00125.

Опис змін енергетичної функції Розетти з 2000 року; дані, що описують калібрування енергій розетти в ккал/моль; додаткові деталі енергетичних термінів та деталі згладжування статистичних термінів; енергетичні терміни для d -амінокислот, неканонічних амінокислот, вуглеводів та нуклеїнових кислот; та методи, що описують приклади енергетичних розрахунків (PDF)

Захоплення протоколу в інтерактивному блокноті Python, що демонструє використання функції print_atom_pair_energy_table (ZIP)