Тодд Майкл

Лабораторія молекулярної та клітинної біології рослин

біології рослин

Інститут біологічних досліджень Солка - Публікації

усі публікації

Liu, J., Seetharam, AS, Chougule, K., Ou, S., Swentowsky, KW, Gent, JI, Llaca, V., Woodhouse, MR, Manchanda, N., Presting, GG, Kudrna, DA, Alabady, М., Гірш, CN, Fengler, KA, Ware, D., Michael, TP, Хаффорд, М.Б., Дау, Р.К. Беззазорне складання хромосом кукурудзи з використанням технологій тривалого зчитування. (2020) Біологія геному. 21 (1): 121. DOI: 10.1186/s13059-020-02029-9

Михайло, Т.П., VanBuren, R. Будівництво майже повних геномів рослин. (2020) Сучасна думка в галузі біології рослин. 54: 26-33. DOI: 10.1016/j.pbi.2019.12.009

Поплавскі, С., TP, Greer, C.B. Антисмисловий олігонуклеотид призводить до пригніченої транскрипції Hdac2 та посилення довгострокової пам'яті. (2020) Нуклеїнові кислоти Mol Ther. 19: 1399-1412. DOI: 10.1016/j.omtn.2020.01.027

MacKinnon, K.J., Cole, B.J., Yu, C., Coomey, J.H., Hartwick, N.T., Remigereau, M.S., Duffy, T., Michael, T.P., Kay, S.A., Hazen, S.P. Зміни температури навколишнього середовища є переважаючим фактором при визначенні денної регуляції гена Brachypodium distachyon. (2020) Новий Фітол. DOI: 10.1111/nph.16507

VanBuren, R., Man Wai, C., Wang, X., Pardo, J., Yocca, AE, Wang, H., Chaluvadi, SR, Han, G., Bryant, D., Edger, PP, Messing, J., Sorrells, ME, Mockler, TC, Bennetzen, JL, Michael, TP Виняткова стабільність субгенома та функціональна розбіжність в алотетраплоїдному ефіопському злаковому тефі. (2020) Природні комунікації. 11 (1): 884. DOI: 10.1038/s41467-020-14724-z

1,1 мільйона років тому (mya) і що два підгеноми розійшлися

5,0 mya. Незважаючи на цю розбіжність, ми не виявляємо масштабних структурних перебудов, гомеологічних обмінів або упередженої втрати генів, на відміну від багатьох інших алополіплоїдів. Два субгеноми teff розподілили свої родові функції на основі дивергентної експресії в різноманітному атласі експресії. Разом ці геномні ресурси будуть корисними для прискорення розведення цієї недостатньо використовуваної зернової культури та для фундаментального розуміння еволюції поліплоїдного геному.

Silva, S.R., Moraes, A.P., Penha, H.A., Julião, M.H.M., Domingues, D.S., Michael, T.P., Міранда, В.Ф.О., Варані, А.М. Наземна м’ясоїдна рослина проливає світло на пластичність навколишнього середовища та життєвої форми. (2019) Міжнародний журнал молекулярних наук. 21 (1). DOI: 10.3390/ijms21010003

Silva, S.R., Pinheiro, D.G., Penha, H.A., Płachno, B.J., Michael, T.P., Meer, E.J., Miranda, V.F.O., Varani, A.M. Внутрішньовидова варіація в межах морфотипів видів на основі геномів хлоропласту. (2019) Міжнародний журнал молекулярних наук. 20 (24). DOI: 10.3390/ijms20246130

Чекан, Дж. Р., Мак-Кінні, С.М.К., Мур, М.Л., Поплавскі, С.Г., Майкл, Т.П., Мур, Б.С. Масштабований біосинтез морських водоростей нейрохімічний, каїнова кислота. (2019) Анжевандте Хемі. 58 (25): 8454-8457. DOI: 10.1002/anie.201902910

Wai, C.M., Weise, S.E., Ozersky, P., Mockler, T.C., Michael, T.P., VanBuren, R. Перепрограмування часу доби та мережі під час індукованого посухою фотосинтезу CAM в альбомі Sedum. (2019) PLOS Генетика. 15 (6): e1008209. DOI: 10.1371/journal.pgen.1008209

Джуп, Ф., Рівкін, А.К., Майкл, Т.П., Zander, M., Motley, S.T., Sandoval, J.P., Slotkin, R.K., Chen, H., Castanon, R., Nery, J.R., Ecker, J.R. Складна архітектура та епігеномний вплив вставок Т-ДНК рослин. (2019) PLOS Генетика. 15 (1): e1007819. DOI: 10.1371/journal.pgen.1007819

Чу П., Вільсон Г.М., Майкл Т.П., Vaiciunas, J., Honig, J., Lam, E. Підхід, керований послідовністю, до генотипування клонів рослин та видів із використанням поліморфних генів, пов'язаних з NB-ARC. (2018) Молекулярна біологія рослин. 98 (3): 219-231. DOI: 10.1007/s11103-018-0774-1

Михайло, Т.П., Jupe, F., Bemm, F., Motley, S.T., Sandoval, JP, Lanz, C., Loudet, O., Weigel, D., Ecker, J.R. (2018) Природні комунікації. 9 (1): 541. DOI: 10.1038/s41467-018-03016-2

Minich, J.J., Morris, M.M., Brown, M., Doane, M., Edwards, M.S., Michael, T.P., Дінсдейл, Е.А. Підвищена температура викликає дисбактеріоз мікроорганізмів водоростей, тоді як підвищений діоксид вуглецю викликає порушення мікробіомів води. (2018) PLOS One. 13 (2): e0192772. DOI: 10.1371/journal.pone.0192772

VanBuren, R., Wai, C.M., Ou, S., Pardo, J., Bryant, D., Jiang, N., Mockler, T.C., Edger, P., Michael, T.P. Надзвичайна варіація гаплотипу у стійкого до висихання клубкового моху Selaginella lepidophylla. (2018) Природні комунікації. 9 (1): 13. DOI: 10.1038/s41467-017-02546-5

VanBuren, R., Wai, C.M., Zhang, Q., Song, X., Edger, P.P., Bryant, D., Michael, T.P., Mockler, T.C., Bartels, D. Механізми десикації насіння кооптовані для вегетативної десикації в траві воскресіння Oropetium thomaeum. (2017) Рослина, клітина та навколишнє середовище. 40 (10): 2292-2306. DOI: 10.1111/шт. 13027

Михайло, Т.П., Брайант, Д., Гутьєррес, Р., Борисюк, Н., Чу, П., Чжан, Х., Ся, Дж., Чжоу, Дж., Пен, Х., Ель Байдурі, М., Десять залів, B., Hastie, AR, Liang, T., Acosta, K., Gilbert, S., McEntee, C., Jackson, SA, Mockler, TC, Zhang, W., Lam, E. Комплексне визначення особливостей геному в Spirodela polyrhiza шляхом глибокого фізичного картографування та короткочитаних стратегій секвенування ДНК. (2017) Журнал рослин. 89 (3): 617-635. DOI: 10.1111/tpj.13400

Кеннеді, AJ, Rahn, EJ, Paulukaitis, BS, Savell, KE, Kordasiewicz, HB, Wang, J., Lewis, JW, Posey, J., Strange, SK, Guzman-Karlsson, MC, Phillips, SE, Decker, К., Motley, ST, Swayze, EE, Ecker, DJ, Michael, TP, Day, J.J., Sweatt, J.D. Tcf4 регулює синаптичну пластичність, метилювання ДНК та функцію пам'яті. (2016) Звіти стільникових мереж. 16 (10): 2666-2685. DOI: 10.1016/j.celrep.2016.08.004

VanBuren, R., Bryant, D., Bushakra, J.M., Vining, K.J., Edger, P.P., Rowley, E.R., Priest, H.D., Michael, T.P., Lyons, E., Filichkin, S.A., Dossett, M., Finn, C.E., Bassil, N.V., Mockler, T.C. Геном чорної малини (Rubus occidentalis). (2016) Журнал рослин. 87 (6): 535-47. DOI: 10.1111/tpj.13215

VanBuren, R., Bryant, D., Edger, PP, Tang, H., Burgess, D., Challabathula, D., Spittle, K., Hall, R., Gu, J., Lyons, E., Freeling, М., Bartels, D., Ten Hallers, B., Hastie, A., Michael, TP, Mockler, T.C. Одномолекулярне секвенування стійкої до десикації трави Oropetium thomaeum. (2015) Природа. 527 (7579): 508-11. DOI: 10.1038/nature15714

Михайло, Т.П., ВанБюрен, Р. Прогрес, виклики та майбутнє геномів сільськогосподарських культур. (2015) Сучасна думка в галузі біології рослин. 24: 71-81. DOI: 10.1016/j.pbi.2015.02.002

Михайло, Т.П. Зміни розміру геному рослини: здуття і продувка ДНК. (2014) Брифінги з функціональної геноміки. 13 (4): 308-17. DOI: 10.1093/bfgp/elu005

Ibarra-Laclette, E., Lyons, E., Hernández-Guzmán, G., Pérez-Torres, CA, Carretero-Paulet, L., Chang, TH, Lan, T., Welch, AJ, Juárez, MJ, Simpson, J., Fernández-Cortés, A., Arteaga-Vázquez, M., Góngora-Castillo, E., Acevedo-Hernández, G., Schuster, SC, Himmelbauer, H., Minoche, AE, Xu, S., Лінч, М., Оропеза-Абурто, А., Сервантес-Перес, С.А., де Хесус Ортега-Естрада, М., Сервантес-Люевано, СІ, Майкл, Т.П., Mockler, T., Bryant, D., Herrera-Estrella, A., Albert, V.A., Herrera-Estrella, L. Архітектура та еволюція хвилинного геному рослини. (2013) Природа. 498 (7452): 94-8. DOI: 10.1038/nature12132

Ming, R., VanBuren, R., Liu Y., Yang, M., Han, Y., Li, LT, Zhang, Q., Kim, MJ, Schatz, MC, Campbell, M., Li, J ., Bowers, JE, Tang, H., Lyons, E., Ferguson, AA, Narzisi, G., Nelson, DR, Blaby-Haas, CE, Gschwend, AR, Jiao, Y., Der, JP, Zeng, F., Han, J., Min, XJ, Hudson, KA, Singh, R., Grennan, AK, Karpowicz, SJ, Watling, JR, Ito, K., Robinson, SA, Hudson, ME, Yu, Q., Mockler, TC, Carroll, A., Zheng, Y., Sunkar, R., Jia, R., Chen, N., Arro, J., Wai, CM, Wafula, E., Spence, A., Han, Y., Xu, L., Zhang, J., Peery, R., Haus, MJ, Xiong, W., Walsh, JA, Wu, J., Wang, ML, Zhu, YJ, Paull, RE, Britt, AB, Du, C., Downie, SR, Schuler, MA, Michael, TP, Long, SP, Ort, DR, Schopf, JW, Gang, DR, Jiang, N., Yandell, M., dePamphilis, CW, Merchant, SS, Paterson, AH, Buchanan, BB, Li, S., Shen- Міллер, Дж. Геном довгоживучого священного лотоса (Nelumbo nucifera Gaertn.). (2013) Біологія геному. 14 (5): R41. DOI: 10.1186/gb-2013-14-5-r41

Михайло, Т.П., Альба, Р. Виділений геном помідора. (2012) Природна біотехнологія. 30 (8): 765-7. DOI: 10.1038/nbt.2319

Філічкін, С.А., Бретон, Г., Пріст, Х.Д., Дхармавардана, П., Джайсвал, П., Фокс, С.Є., Майкл, Т.П., Хорі, Дж., Кей, С.А., Моклер, Т.Ц. Глобальне профілювання транскриптомів рису та тополі висвітлює ключові збережені шляхи, контрольовані циркадними, та модулі регулювання СНД. (2011) PLOS One. 6 (6): e16907. DOI: 10.1371/journal.pone.0016907

Бенкс, Дж. А., Нісіяма, Т., Хасебе, М., Боумен, Дж. Л., Грибсков, М., деПамфіліс, К., Альберт, В. А., Аоно, Н., Аояма, Т., Амброуз, Б.А. Axtell, MJ, Barker, E., Barker, MS, Bennetzen, JL, Bonawitz, ND, Chapple, C., Cheng, C., Correa, LG, Dacre, M., DeBarry, J., Dreyer, I., Еліас, М., Енгстром, Е.М., Естель, М., Фенг, Л., Фінет, К., Флойд, С.К., Фроммер, СБ, Фуджіта, Т., Грамзов, Л., Гутенсон, М., Хархольт, Дж. ., Хатторі, М., Хейл, А., Хірай, Т., Хіватасі, Ю., Ісікава, М., Івата, М., Кароль, К.Г., Келер, Б., Колукісаоглу, У., Кубо, М., Kurata, T., Lalonde, S., Li, K., Li, Y., Litt, A., Lyons, E., Manning, G., Maruyama, T., Michael, TP, Мікамі, К., Міядзакі, С., Морінага, С., Мурата, Т., Мюллер-Рібер, Б., Нельсон, ДР, Обара, М., Огурі, Ю., Олмстед, Р.Г., Онодера, Н., Petersen, BL, Pils, B., Prigge, M., Rensing, SA, Riaño-Pachón, DM, Roberts, AW, Sato, Y., Scheller, HV, Schulz, B., Schulz, C., Shakirov, EV, Шибагакі, Н., Шинохара, Н., Шиппен, DE, Соренсен, І., Сотука, Р., Сугімото, Н., Сугіта, М., Сумікава, Н., Танурджич, М., Тейссен, Г., Ульвсков, П., Ваказукі, С., Венг, Дж. К., Віллатс, В. В., Віпф, Д., Вовк, П. Г., Ян, Л., Циммер, А. Д., Чжу, К., Мітрос, Т., Хеллстен, У ., Loqué, D., Otillar, R., Salamov, A., Schmutz, J., Shapiro, H., Lindquist, E., Lucas, S., Rokhsar, D., Grigoriev, IV Геном Selaginella визначає генетичні зміни, пов'язані з еволюцією судинних рослин. (2011) Наука. 332 (6032): 960-3. DOI: 10.1126/science.1203810

410 мільйонів років тому, потім розійшлися на кілька ліній, з яких вижили лише два: еуфілофіти (папороті та насінні рослини) та лікофіти. Тут ми повідомляємо про послідовність геному лікофіту Selaginella moellendorffii (Selaginella), першого генома судинної рослини без насіння. Порівнюючи вміст генів в еволюційно різноманітних таксонах, ми виявили, що для переходу від гаметофіта до життєвого циклу, в якому переважають спорофіти, потрібно набагато менше нових генів, ніж для переходу від ненасінного судинного до квіткової рослини, тоді як вторинні метаболічні гени значно розширились і в паралельно ліній лікофітів та покритонасінних рослин. Селагінела відрізняється посттранскрипційною регуляцією генів, включаючи регуляцію малих РНК повторюваних елементів, відсутність транс-діючого малого заважаючого шляху РНК та велике редагування РНК органелярних генів.