Прогнозування «гарячих» та «теплих» плям для прив’язки фрагментів

Історія публікацій

Перегляди статей

Альтметричний

Цитати

Перегляди статей - це сумісна з COUNTER сума повнотекстових завантажень статей з листопада 2008 року (як PDF, так і HTML) для всіх установ та приватних осіб. Ці показники регулярно оновлюються з урахуванням використання до останніх кількох днів.

Цитати - це кількість інших статей, що цитують цю статтю, розрахована Crossref і оновлюється щодня. Знайдіть більше інформації про кількість посилань Crossref.

Альтметричний показник уваги - це кількісний показник уваги, яку дослідницька стаття приділяла Інтернету. Клацнувши на піктограму пампушки, ви завантажите сторінку на altmetric.com із додатковими відомостями про оцінку та присутність у соціальних мережах для даної статті. Знайдіть більше інформації про показник висоти уваги та про те, як обчислюється рахунок.

Анотація

Методи обчислювальних фрагментів мають на меті передбачити гарячі точки на білкових поверхнях, де зв’язуватимуться дрібні фрагменти. Такі методи популярні для оцінки здатності до наркотиків, а також для структурування. Однак на сьогоднішній день дослідники, що розробляють або використовують такі інструменти, не мали чіткого способу оцінки ефективності цих методів. Тут ми представляємо перший різноманітний високоякісний набір перевірок для обчислювального відображення фрагментів. Набір містить 52 різноманітні приклади зв’язування фрагментів «гарячими» та «теплими» плямами з Банку даних білків (PDB). Крім того, ми описуємо PLImap, новий протокол для картографування фрагментів, заснований на полі сили білків-лігандської інформатики (PLIff). Ми оцінюємо PLImap щодо нового тестового набору відображення фрагментів і порівнюємо його ефективність із простими алгоритмами на основі фігури та стикуванням фрагментів за допомогою GOLD. PLImap стає загальнодоступним з https://bitbucket.org/AstexUK/pli.

Довідкова інформація

Додаткова інформація доступна безкоштовно на веб-сайті публікацій ACS за адресою DOI: 10.1021/acs.jmedchem.7b00366.

Підготовлені структурні файли для набору валідації, детальні методи побудови протоколів набору валідації та відображення фрагментів, докладні результати та обговорення продуктивності різних використовуваних протоколів відображення фрагментів, режиму зв'язування та поверхні електростатичного потенціалу 3,5-диметилізоксазолу, PDB Ідентифікатори комплексів для кожного прикладу у наборі перевірки, які розміщують фрагмент в одному підсистемі прив'язки (PDF)