Доставка альфа-мангостину за допомогою циклодекстринів через біологічну мембрану: моделювання молекулярної динаміки

Хімічна структура (a) MGS та схеми (b) βCD та DMβCD, використані в цьому дослідженні, де R являє собою атоми водню для βCD та метильні групи для DMβCD, а також дві орієнтації MGS всередині порожнини βCD, на які посилаються як (c) A-форма та (d) C-форма.

Еволюція за часом відстані між центрами мас ліпідного бішару (z = 0) та кожним ободом (a - c) βCD та (d - f) DMβCD. Відстань між фосфатними групами кожного листка мембрани (dHH) та центром мембрани представлена ​​зеленою лінією, тоді як відстань первинного та вторинного ободів βCD, d (PβCD-POPC) та d (SβCD-POPC), відносно ліпідного двошару представлені чорною та сірою лініями відповідно. Знімки МР βCD за час моделювання також надаються за наявності мембранної схеми.

Залежна від часу відстань між центрами маси ліпідного бішару та комплексами включення A-форми: (a - c) A-MGS/βCD та (d - f) A-MGS/DMβCD. Відстань між фосфатними групами кожної листочки (dHH) представлена ​​зеленою лінією, тоді як відстані MGS, а також первинний і вторинний обід βCD, d (PβCD-POPC) і d (SβCD-POPC), по відношенню до ліпідного двошару представлені пурпуровою, чорною та сірою лініями відповідно. Репрезентативні знімки A-MGS/βCD під час моделювання також надаються за наявності мембранної схеми для простоти.

Відстань до центру ліпідного бішару (z = 0 нм) та комплексів включення C-MGS як (a - c) C-MGS/βCD та (d - f) C-MGS/DMβCD. Середня відстань між фосфатними групами кожної мембранної листочки (dHH), відстань від центру ліпідного бішару до COM MGS (dMGS), первинного краю βCD (d (PβCD-POPC)) та вторинного краю βCD (d (SβCD-POPC)) представлені зеленими, рожевими, чорними та сірими лініями відповідно.

Кількість Н-зв’язків між первинним (PCD) або вторинним (SCD) ободом (a) βCD, (b) DMβCD та групами ліпідних голів (фосфатні та гліцеринові ефіри).

Кількість H-зв’язків у трьох повторних моделюваннях MD для кожного комплексу включення (a) A-MGS/βCD, (b) A-MGS/DMβCD, (c) C-MGS/βCD та (d) C-MGS/DMβCD.

Електростатична (E EEL) та ван-дер-ваальсова (E vdW) взаємодія для (a) A-MGS/βCD, (b) A-MGS/DMβCD, (c) C-MGS/βCD та (d) C-MGS/DMβCD.

Профіль вільної енергії та еволюція за часом кількості Н-зв’язків для (a) A-MGS/βCD та (b) A-MGS/DMβCD.

Ілюстрація п’яти досліджених моделей: (I) A-MGS, (II) C-MGS, (III) βCD, (IV) A-MGS/βCD та (V) C-MGS/βCD. Зауважимо, що A- та C-кільце MGS було представлене чорним та сірим, відповідно, тоді як βCD (βCD та DMβCD) служили молекулами господаря у цьому дослідженні.

Схематичні моделі кожної системи для моделювання відбору проб парасольки: (a) вільний A-MGS спочатку встановлюється шляхом поміщення у водну фазу, тоді як (b) комплекси включення розташовуються на полярних головних групах мембрани POPC.

Анотація

доставка

Хімічна структура (a) MGS та схеми (b) βCD та DMβCD, використані у цьому дослідженні, де R являє собою атоми водню для βCD та метильні групи для DMβCD, а також дві орієнтації MGS всередині порожнини βCD, про які йдеться як (c) A-форма та (d) C-форма.

Еволюція часу відстані між центрами мас ліпідного бішару (z = 0) і кожним ободом (a - c) βCD та (d - f) DMβCD. Відстань між фосфатними групами кожного листка мембрани (dHH) та центром мембрани представлена ​​зеленою лінією, тоді як відстань первинного та вторинного ободів βCD, d (PβCD-POPC) та d (SβCD-POPC), відносно ліпідного двошару представлені чорною та сірою лініями відповідно. Знімки МР βCD за час моделювання також надаються за наявності мембранної схеми.

Залежна від часу відстань між центрами маси ліпідного бішару та комплексами включення A-форми: (a - c) A-MGS/βCD та (d - f) A-MGS/DMβCD. Відстань між фосфатними групами кожної листочки (dHH) представлена ​​зеленою лінією, тоді як відстані MGS, а також первинний і вторинний обід βCD, d (PβCD-POPC) і d (SβCD-POPC), відносно ліпідного двошару представлені пурпуровою, чорною та сірою лініями відповідно. Репрезентативні знімки A-MGS/βCD під час моделювання також надаються за наявності мембранної схеми для простоти.

Відстань до центру ліпідного бішару (z = 0 нм) та комплексів включення C-MGS як (a - c) C-MGS/βCD та (d - f) C-MGS/DMβCD. Середня відстань між фосфатними групами кожної мембранної листочки (dHH), відстань від центру ліпідного бішару до COM MGS (dMGS), первинного краю βCD (d (PβCD-POPC)) та вторинного краю βCD (d (SβCD-POPC)) представлені зеленими, рожевими, чорними та сірими лініями відповідно.

Кількість Н-зв’язків між первинним (PCD) або вторинним (SCD) ободом (a) βCD, (b) DMβCD та групами ліпідних голів (фосфатні та гліцеринові ефіри).

Кількість H-зв’язків у трьох повторних моделюваннях MD для кожного комплексу включення (a) A-MGS/βCD, (b) A-MGS/DMβCD, (c) C-MGS/βCD та (d) C-MGS/DMβCD.

Електростатична (E EEL) та ван-дер-ваальсова (E vdW) взаємодія для (a) A-MGS/βCD, (b) A-MGS/DMβCD, (c) C-MGS/βCD та (d) C-MGS/DMβCD.

Профіль вільної енергії та еволюція за часом кількості Н-зв’язків для (a) A-MGS/βCD та (b) A-MGS/DMβCD.

Ілюстрація п’яти досліджених моделей: (I) A-MGS, (II) C-MGS, (III) βCD, (IV) A-MGS/βCD та (V) C-MGS/βCD. Зауважимо, що A- та C-кільце MGS було представлене чорним та сірим, відповідно, тоді як βCD (βCD та DMβCD) служили молекулами господаря у цьому дослідженні.

Схематичні моделі кожної системи для моделювання відбору проб парасольки: (a) вільний A-MGS спочатку встановлюється шляхом поміщення у водну фазу, тоді як (b) комплекси включення розташовуються на полярних головних групах мембрани POPC.