MDPI - видавець журналів з відкритим доступом

SARS-CoV-2 3CLpro

Групування аналізованих генотипів вівса після зараження F. graminearum за допомогою ієрархічного кластерного аналізу. Типи маркерів вказують на генотипи вівсяного (○), лущеного (●) та дикого (x) вівса.

Групування аналізованих генотипів вівса після зараження F. culmorum за допомогою ієрархічного кластерного аналізу. Типи маркерів вказують на генотипи вівсяного (○), лущеного (●) та дикого (x) вівса.

Аналіз основних компонентів (PCA) аналізованих параметрів у 22 генотипах вівса після зараження FG .

Аналіз основних компонентів (PCA) аналізованих параметрів у 22 генотипах вівса після зараження FC .

Імунологічний життєвий цикл Mycobacterium tuberculosis та прогресування захворювання. Mtb зазвичай передається аерозолем, і вроджена імунна відповідь виступає першим бар'єром в альвеолярному просторі. На ранній стадії зараження Mtb може бути швидко знищений. Передача антиген-презентуючих клітин до лімфатичних вузлів призводить до поширення захворювання, а також до активації адаптивної імунної відповіді. Т-лімфоцити регулюють утворення гранульоми, що міститься в Mtb, і у людини розвивається прихована туберкульозна інфекція (LTBI). Коли імунологічна рівновага між господарем і збудником порушується, прихований туберкульоз еволюціонує до активного захворювання. На цьому етапі пацієнт стає симптоматичним і може передавати інфекцію здоровим людям.

Трубопровід вакцини проти туберкульозу з цільовою популяцією.

Система введення ад’ювантів вакцин, що застосовується у кандидатів, які проходять клінічні випробування.

Молекулярні філогенетичні взаємозв'язки сімейства Spirodela polyrhiza lipoxygenase (LOX) із сімействами генів LOX з додаткових рослин. Еволюційна історія була зроблена з використанням методу максимальної ймовірності, заснованого на матричній моделі JTT. Дерево консенсусу завантажувальних систем, виведене з 1000 повторень, береться для представлення еволюційної історії аналізу таксонів. В аналізі брали участь 63 амінокислотні послідовності з п’яти різних рослин: ряски (Sp), помідора (Sl), арабідопсису (At), рису (Os) та тополі (Pt). Були ліквідовані всі посади з покриттям сайту менше 95%. Еволюційні аналізи проводили в MEGA7. Значення початкового рівня рівня довіри відображаються у відсотках на вузлах гілок. Сімейство генів LOX кожного виду має кольорове кодування. LOXs різних видів діляться на дві окремі групи: 9-LOX і 13-LOX. Група 13-LOX була додатково поділена на тип I та тип II. Філогенетичний аналіз відніс сім білків LOX від Spirodela до групи 13-LOX і два білки LOX до групи 9-LOX.

Ідентифікація збережених залишків гістидину (H) у мотиві LOX з підписом 38 aa у Спіроделі. (A) Мотив 38 залишків серед послідовностей Spirodela LOX. Логотип послідовності був створений з дев'яти місцевих послідовностей білка LOX. Середня висота кожної стопки вказує на збереження послідовності в цьому положенні, а висота кожної букви залишку вказує на відносну частоту розподілу відповідного амінокислотного залишку в мотиві довжиною 38 амінокислот. (B) Вирівнювання послідовності мотиву довжиною 38 залишків у білках Spirodela LOX. Збережені залишки гістидину виділено жирним шрифтом H.

Родинність генів сімейства Spirodela LOX та домовленості про інтрон-екзон. Еволюційна історія була зроблена з використанням методу максимальної ймовірності, заснованого на матричній моделі JTT. Відсоток дерев, у яких пов'язані таксони згруповані між собою, показано поруч із гілками. Дерево намальовано в масштабі, довжина гілок вимірюється в кількості заміщень на ділянці. В аналізі брали участь дев'ять амінокислотних послідовностей. Були ліквідовані всі посади з покриттям сайту менше 95%. Еволюційні аналізи проводились у MEGA7 [51]. Позначаються підродини Spirodela LOX 9-LOX та 13-LOX, причому 13-LOX додатково поділяються на тип I (13-LOX-I) та тип II (13-LOX-II). Схематична геномна організація для кожного гена LOX була створена за допомогою сервера відображення структури генів (GSDS 2.0; http://gsds.cbi.pku.edu.cn/). Екзони (CDS) та інтрони представлені блакитними рамками та чорними пунктирними лініями відповідно. Розміри екзонів та інтронів пропорційні довжині їх послідовностей.

Спіродела LOX ідентичності послідовності. (A) Кодуючі послідовності ДНК та (B) матриці ідентичності послідовності білка були сформовані за допомогою розтяжки EMBOSS (https://www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_stretcher/). Значення жирним шрифтом обговорюються в тексті.

Порівняльний аналіз qRT-PCR генів LOX у Спіроделі у відповідь на екзогенну сіль. П'ять листя S. polyrhiza 7498 вирощували протягом 14 днів; потім додавали 200 мМ розчину NaCl; а зразки збирали через 0, 1, 3, 6 та 12 год [36]. Дані про експресію генів аналізували за допомогою qRT-PCR. Експеримент повторювали три рази (n = 3) з кожним обсягом зразка приблизно 100 фрондів. Дисперсійний аналіз (ANOVA) за допомогою тесту множинних порівнянь Даннета проводили на значні відмінності. Статистичну значимість між точками даних оцінювали за 0 год порівняно з іншими часовими точками профілів виразу за допомогою графічної панелі (версія 8.0).

Атомістичні подання 8-атомних моделей ZnTe, V 2+ 0,25Zn0,75Te, Cr 2+ 0,25Zn0,75Te, Mn 2+ 0,25Zn0,75Te та 64-атомних моделей Cr 2+ 0,03Zn0,97Te. Атоми представлені сферами: Zn (сірий, темний), Te (жовтий), V (сірий, світлий), Cr (зелений) та Mn (фіолетовий).

Ліва (права) панель: HOMO та LUMO плита ізоповерхні 8-атомних клітин ZnTe (V 2+ 0,25Zn0,75Te), розташованих за енергією та позначених фіолетовим відтінком. Атоми представлені сферами: V (сірий, світлий), Zn (сірий, темний) і Te (жовтий).

Ліва (права) панель: HOMO та LUMO плита ізоповерхні 8-атомних клітин ZnTe (Cr 2+ 0,25Zn0,75Te), розташованих за енергією та позначених фіолетовим відтінком. Атоми представлені сферами: Cr (зелений), Zn (сірий, темний) і Te (жовтий).

Ліва (права) панель: ізоморфні плити HOMO та LUMO із 8-атомних клітин ZnTe (Mn 2+ 0,25Zn0,75Te), розташованих за енергією та позначених фіолетовим відтінком. Атоми представлені сферами: Mn (фіолетовий), Zn (сірий, темний) і Te (жовтий).

Схематична ілюстрація нормальної сукупності (a) та інверсії популяції (b). Стрілки вгору показують оптичну накачку, яка змушує електрони (тверді зірки) підніматись від нижчого енергетичного рівня 0 до більш високого 3. Стрілки вниз вказують, що електрони випромінюють фотони, коли вони розслабляються від збуджених станів 3 або 2 до нижчих станів 1 або 0.

Ліва (права) панель: ізоповерхні плити HOMO та LUMO із 64-атомних клітин ZnTe (Cr 2+ 0,03Zn0,97Te), розташованих за енергією та позначених фіолетовим відтінком. Атоми представлені сферами: Cr (зелений), Zn (сірий, темний) і Te (жовтий).

Ілюстрація зсувного навантаження.

Сила зсуву припою з морфологією руйнування після певного часу старіння. (а): 0 год, SAC387/Cu; (b): 720 год, SAC387/Cu; (c): 1440 год, SAC387/Cu; (d): 0 год, SAC387-0.05Nd/Cu; (е): 720 год, SAC387-0.05Nd/Cu; (f): 1440 год, SAC387-0.05Nd/Cu.

Мікроструктури припаяної та застарілої матриці припою та її паяних з'єднань: (а, б) припаяні матриці припою SAC387 та SAC387-0.05Nd; (e, f) припаяне з'єднання SAC387/Cu та SAC387-0.05Nd/Cu; (c, d) матриця припою у віці (1440 год) SAC387 і SAC387-0.05Nd; (г, год) у віці (1440 год) SAC387 і SAC387-0.05Nd матриця припою.

Еволюція мікроструктури припою SAC387/Cu припою після обробки старінням: (а) 140 год; (b) 360 год; (c) 720 год; (d) 1440 год.

Еволюція мікроструктури припою SAC387-0.05Nd/Cu припою після обробки старінням: (а) 140 год; (b) 360 год; (c) 720 год; (d) 1440 год.

Механізм атомів Nd на перешкоджанні росту інтерметалідних сполук (ІМК): (а, б) ІМС у матриці припою; (c, d) міжфазні IMC; (д) ефект Nd у припої Sn-Zn-Nd [19]. (JI та JR означає потік міжфазної реакції та потік дозрівання атомів Cu відповідно).

Механізм атомів Nd на перешкоджанні росту інтерметалідних сполук (ІМС): (а, б) ІМС у матриці припою; (c, d) міжфазні IMC; (д) ефект Nd у припої Sn-Zn-Nd [19]. (JI та JR означає потік міжфазної реакції та потік дозрівання атомів Cu відповідно).

Товщина міжфазних шарів IMC (IML), витриманих при 150 ° C. (а): Товщина шару Cu6Sn5 + Cu3Sn; (b): Товщина шару Cu3Sn; (c): обчислювальний процес товщини шару IMC.

Принципова схема дислокації в обхід частинок ІМК Ag3Sn.

Морфологія IMC Ag3Sn на поверхні міжфазних IMC Cu6Sn5.

1-ЯМР-спектри материнської рослини з високою концентрацією у каннабідіоловій кислоті (CBDA) (зверху) та культивованих рослин in vitro у три стадії росту.

1-ЯМР-спектри материнської рослини з високою концентрацією в CBGA (зверху) та культивованих рослин in vitro у три стадії росту.

Вміст CBD + CBDA та CBG + CBGA (%) у вирощених у польових умовах материнських рослинах та їх клонах на трьох різних стадіях росту двох високих сортів CBD та CBG Cannabis sativa.

Молекулярна структура органогелятора сечовини.

Температура плавлення сечовини – триціанофуран гідразону (UTCFH) в ДМСО (pH =

6.65) при збільшенні концентрації триціанофуран гідразону (TCFH).

Нормалізовані спектри поглинання UV-Vis UTCFH (0,06 мас.%) В ДМСО при різних значеннях температури; 44 ° C (жовтий при 442 нм), 51 ° C (оранжевий при 490 нм), 57 ° C (червоний при 505 нм) і 63 ° C (фіолетовий при 535 нм).

Ілюстрація термохромного золь-гелевого процесу UTCFH (0,06 мас.%) У ДМСО.

Зміни між максимальними довжинами хвиль поглинання UTCFH (0,06 мас.%) При 442 та 535 нм при значеннях температури відповідно 44 та 63 ° C; Значення рН було відрегульовано до

СЕМ-зображення висушених ксерогелів UTCFH, отриманих з ДМСО, із загальним вмістом TCFH при 0,06 мас.% (A, b) та 0,2 мас.% (C, d).

Висушений на повітрі ксерогель UTCFH (зверху), а також ксерогель UTCFH, нанесений на смужку фільтрувального паперу (знизу), отриману з ДМСО, із загальним вмістом TCFH 0,06 мас.%, Що демонструє зміну кольору від оранжевого до фіолетового під впливом газоподібного аміаку.

Синтез аллілокси-заміщеного триціанофуран-гідразонового спектроскопічного зонда.

Двоступенева одноконтурна конденсація Knoevenagel для утворення гетероциклу триціанофурану.

Механізм молекулярного перемикання на основі температурного спектроскопічного зонда триціанофуран-гідразон, вбудований в органогель сечовини.

Фото експериментальної установки, на якій показано вакуумну камеру та гіроскоп MEMS з витоком повітря.

Спрощена пружинно-масова структура.

Виміряний дрейф зміщення проти зсуву частоти.

Двомасовий гіроскоп, змодельований як система пружини-маса-демпфер.

Виміряний дрейф зміщення проти амплітуди приводу.

Обробка сигналу для компенсації зміщення.

Подвійний вплив на зміщення гіроскопа.

Датчик швидкості MEMS для космічних застосувань: (а) механічна архітектура; (b) Фото датчика MEMS.

Дані про орбіту гіроскопа MEMS.

Послідовність наступного покоління: Переваги та підводні камені.

Робочий процес від відбору зразків до аналізу послідовності наступного покоління (NGS) та геномного звіту.

Порівняння протеаз SARS-CoV та SARS-CoV-2 3CL. (а) Показано вирівнювання послідовності протеаз, для SARS-CoV 3CLpro представлені лише ті залишки, які відрізняються від порівняно з SARS-CoV-2 3CLpro. Залишки активних ділянок зелені та підкреслені, залишки, що відрізняються за двома протеазами, - червоними. (b) Схематична структура SARS-CoV-2 3CLpro на основі його рентгенівської кристалічної структури (6LU7.pdb). Каталітичні залишки (His41 та Cys145) виділені зеленим кольором, залишки, що відрізняються у протеазах SARS-CoV та SARS-CoV-2 3CL, позначені червоним кольором. Також виділено залишок Ser46. Інгібітор, зв’язаний з активним сайтом, також показаний паличками. (c) Склади субсайтів, що зв'язують субстрат, показані на основі літературних даних [11, 12, 13, 16], номенклатура субсайтів показана згідно Шехтера та Бергера [15].

Порівняння послідовностей сайтів розщеплення SARS-CoV та SARS-CoV-2. Послідовності показані для PLpro та 3CLpro на основі літературних даних [15, 16]. Позиції розщеплення позначені зірочками, послідовності, укладені рядками, використовувались для підготовки логотипів послідовностей. Залишки субстрату P4-P4 ’нумеруються відповідно до номенклатури Шехтера та Бергера [15].

Ефективні ділянки розщеплення SARS-CoV-2 3CLpro в деяких вибраних людських білках-мішенях. Для вибраних білків показані ідентифікатори PDB та UniProt, також вказані оцінки та сайти розщеплення, передбачені веб-сервером NetCorona 1.0. Прогнозований бал для IRAK1 повідомлявся раніше [26]. Також показані структури білків (сірий), передбачені місця розщеплення виділені (синім), стрілки показують залишки P1-Gln.

Очищення ГРВІ-CoV-2 3CLpro. На малюнку показано зображення гелю, зафарбоване Кумассі, після аналізу зразків SDS-PAGE: (1) стандарт молекулярної маси; (2) Розчинний лізат; (3) Афінна хроматографія Ni-NTA, проточна; (4) Афінна хроматографія Ni-NTA, фракція елюату His6-SARS-CoV-2 3CLpro; (5) іонообмінна афінна хроматографія, елюат немеченого SARS-CoV-2 3CLpro. Пунктирна стрілка показує SARS-CoV-2 3CLpro, який має трохи меншу молекулярну масу, ніж фермент, позначений His6.

Розщеплення рекомбінантних білків за допомогою SARS-CoV-2 3CLpro. Після реакцій розщеплення за допомогою SARS-CoV-2 PR реакційні суміші аналізували за допомогою SDS-PAGE. Нерозщеплені білки та SARS-CoV-2 PR відображаються суцільними та пунктирними лініями відповідно, тоді як зірочки позначають продукти розщеплення. (a) Розщеплення His6-MBP-TSAVLQ * SGFRKM-mEYFP. Після ренатурації в гелі субстрат на всю довжину та продукт розщеплення SGFRKM-mEYFP візуалізували УФ-освітленням, а також гель фарбували барвником Кумасі. (b) Реакція розщеплення рекомбінантного BSA. (c) Реакція розщеплення рекомбінантного плазміногену. (d) Розщеплення реакції рекомбінантного IRAK1. (e) Реакція розщеплення рекомбінантного PTK6. (f) Реакція розщеплення рекомбінантного CTBP1. Гелеві зображення є представниками ≥2 паралельних експериментів.

Вплив N-кінцевої мітки His6 та PMSF на активність SARS-CoV-2 3CLpro. (а) В реакціях розщеплення ми використовували His6-MBP-TSAVLQ * SGFRKM-mEYFP як субстрат з міченими His6 та без міток формами SARS-CoV-2 3CLpro. (b) Вплив PMSF на розщеплення His6-MBP-TSAVLQ * SGFRKM-mEYFP вивчали, використовуючи немечену протеазу. PMSF розчиняли в етанолі і застосовували в діапазоні концентрацій 0,005–0,00005% (м/об). Нерозрізаний субстрат показаний на малюнку частини (а). Гелеві зображення є представниками ≥2 паралельних експериментів.

Аналіз поверхнево доступних поверхонь. Відносні значення доступної для поверхні площі поверхні (SASA) (%), визначені для всіх атомів у PTK6, PLMN, IRAK1 та CTBP1, і були усереднені для кожного положення у вікні з 5 залишками. Значення залишків P5 – P5 ’виділено червоним кольором, середні середні значення та значення SD, розраховані для сайтів P5 – P5’, представлені в дужках. Нумерація залишків починається в кожному випадку з першого залишку білка у файлі координат.

Розщеплення субстратів рекомбінантного злитого білка за допомогою SARS-CoV-2 3CLpro. Субстрати His6-MBP-mEYFP, що містять TSAVLQ * SGFRKM (SARS-CoV-2 nsp4) або REGTRVQ * SVEQIRE (CTBP1), послідовності ділянок розщеплення розщеплювали за допомогою SARS CoV-2 3CLpro. Після SDS-PAGE гель фарбували барвником Кумасі. Нерозщеплені білки та SARS-CoV-2 PR позначаються суцільними та пунктирними лініями відповідно, тоді як зірочки позначають продукти розщеплення. Гелеві зображення є представниками ≥ 2 паралельних експериментів.

Визначення місць розщеплення за допомогою MALDI-TOF MS. В реакціях розщеплення в якості субстратів використовували білки His6-MBP-TSAVLQ * SGFRKM-mEYFP (a), рекомбінантний CTBP1 (b) та His6-MBP-REGTRVQ * SVEQIRE-mEYFP (c). Молекулярні ваги (Da) SARS-CoV-2 3CLpro позначені чорним кольором, значення субстратів у повний зріст позначені темно-синім кольором, тоді як протеолітичні фрагменти забарвлені відповідно світло-блакитним та зеленим кольорами. Також показані послідовності ділянок розщеплення, зірочки вказують положення розщеплення.

Кінетичний аналіз SARS-CoV-2 3CLpro з використанням рекомбінантних субстратів злитого білка. Дані, отримані для підкладок His6-MBP-TSAVLQ * SGFRKM-mEYFP та His6-MBP-REGTRVQ * SVEQIRE-mEYFP, відображаються повними колами та квадратами відповідно. Побудовано середні значення значень, отримані в результаті двох паралельних експериментів, стовпчики помилок представляють SD. Кінетичні параметри наведені в таблиці 2 .