Дієта господаря та еволюційна історія пояснюють різні аспекти різноманітності мікробіомів кишечника

Багато факторів модулюють скупчення мікробної спільноти в кишці хребетних, хоча дослідження не погоджуються щодо їх відносного внеску. Однією з причин може бути залежність від тварин, що перебувають у неволі, у яких можуть бути дуже різні мікробіоми кишечника порівняно з їх дикими аналогами. Щоб вирішити цю розбіжність, ми аналізуємо новий, великий і дуже різноманітний набір мікробіомів 16 S рРНК дистальних кишок тварин, який включає 80% диких тварин і включає представників ссавців, авесів, рептилій, амфібій та актиноптерігій. Ми відокремлюємо вплив еволюційної історії та дієти господаря на різноманітність мікробіомів кишечника та показуємо, що кожен фактор модулює різні аспекти різноманітності. Більше того, ми вирішуємо конкретні мікробні таксони, пов’язані з філогенезом або дієтою господаря, і показуємо, що ссавці мають сильніший сигнал про кофілогенез. Нарешті, ми виявляємо, що фільтрація навколишнього середовища та взаємодія мікробів-мікробів різняться між холодними клідами. Ці висновки дають надійну оцінку процесів, що зумовлюють збирання мікробної спільноти в кишечнику хребетних.