Порівняльний аналіз мікроРНК, пов’язаних з дозріванням плодів, та їх мішені у чорниці за допомогою дрібної РНК та деградомного секвенування

Діаграма Венна мікроРНК чорниці в бібліотеках білих (WF) та синіх плодів (BF).

повнотекстовий

Філогенетичний аналіз відомих зрілих послідовностей miRNA чорниці (Vaccinium corymbosum) та винограду (Vitis vinifera), отриманих за даними секвенування (ця робота) та miRbase 21.0, відповідно. МіРНК були згруповані в 10 класів (I – X). МіРНК на світло-блакитному тлі були з чорниці, а темно-сірі - з винограду у внутрішньому кільці. Середнє кільце показує сімейства miRNA різними кольорами. Зовнішнє кільце показує довжину зрілих мікроРНК.

Експресійний аналіз відомих та нових мікроРНК з лохини, отриманих за даними секвенування. МіРНК були згруповані в 3 класи (I – III) на основі їх накопичення. WF та BF відносяться до білих та синіх фруктів відповідно.

Експресійне порівняння вибраних мікроРНК між стадіями WF та BF у чорниці за допомогою qRT-PCR та глибокого секвенування. Сіра лінія представляє обчислювані зміни кількості стенограм. Зелена смужка вказує на рівень відносної експресії, визначений за допомогою аналізу qRT-PCR. Стандартна помилка середнього значення представлена ​​рядком помилок. WF та BF відносяться до білих та синіх фруктів відповідно.

Класифікація генної онтології цільових генів для диференційовано виражених відомих мікроРНК між бібліотеками стадії білого плоду та зрілими стадіями плодів чорниці.

Схематична модель, що показує запропоновану роль мікроРНК, що беруть участь у розвитку та дозріванні плодів чорниці. Стовпчик Т та стрілка означають негативний та позитивний вплив на ефектор або біологічний процес, що знаходиться нижче за течією, відповідно.