Всебічний мета-аналіз та аналіз мережі коекспресії визначають гени-кандидати для реакції на сольовий стрес при арабідопсисі

Оригінальні статті

  • Повна стаття
  • Цифри та дані
  • Список літератури
  • Додаткові
  • Цитати
  • Метрики
  • Передруки та дозволи
  • Отримати доступ /doi/full/10.1080/11263504.2018.1492989?needAccess=true

Солоність є одним з основних екологічних обмежень продуктивності сільського господарства у всьому світі. Для подолання дефектів аналізу послідовності мікрочипів, спричинених неоднорідністю окремих досліджень, було проведено аналіз розміру ефекту (ES) на основі веб-інструменту NetworkAnalyst для синтезу 13 наборів даних мікрочипів, пов’язаних із сольовим стресом, відфільтрованих з понад 2000 наборів даних та публікацій. Загалом у зразках, оброблених NaCl, було виявлено 3811 генів, що експресуються по-різному (DE) з 1476 генами, регульованими вгору, і 2335 генами, регульованими вниз. Загалом 172 біологічних процеси були збагачені надмірно експресованими генами, такими як «реакція на жасмонову кислоту», «позитивна регуляція транскрипції, шаблонна ДНК» та «резистентність до інсуліну». Побудова мережі ко-експресії дала 15 630 вузлів і 73 125 ребер, додатково згрупованих у 178 ко-експресованих кластерів на основі методу евристичного кластерного чізелювання (HCCA). Загалом 1036 генів з 5% верхніх кластерів були розглянуті як гени-концентратори. Ідентифікація генів DE, генно-експресуючих ген-генів та генів-концентраторів може сприяти розкриттю механізмів толерантності до солоного стресу в Arabidopsis.

мета-аналіз