Функціональне значення супутньої інактивації hMLH1 та hMSH6 у клітинах пухлини фенотипу мікросателітного мутатора

Відредаговано Річардом Д. Колоднером, Каліфорнійський університет у Сан-Дієго, Ла-Холла, Каліфорнія, та затверджено 11 жовтня 2001 р.

супутньої

Стаття Рисунки & SI

Цифри

Стратегія виділення субклонів SW48 з диким або інактивованим геном hMSH6. +/+, hMSH6 дикого типу; +/−, гетерозиготний для мутацій зсуву кадру hMSH6; -/-, гомозиготний для мутацій зсуву кадру hMSH6.

Спектр мутацій гена hprt у клітинах MSH6 (+/+) та MSH6 (-/-). Показана структура кДНК гена hprt (вказані лише екзони 1 і 9). Екзон 1 починається з пари основ 1, а екзон 9 - у пари основ 657. Мутації представлені такими символами: ▴, вставка одного нуклеотиду; ▾, делеція одного нуклеотиду; ▿, делеція двох нуклеотидів; ●, перехід на парах основ C⋅G; ○, перехід на парах основ A⋅T; □, трансверсія. Цифри вказують на положення мутованих нуклеотидів. Положення мутованих нуклеотидів в інтронних послідовностях позначається як положення кДНК - або + відповідна кількість нуклеотидів в інтронах.

Аналіз вмісту мРНК клітинної hMLH1. Мультиплексовану RT-PCR проводили з праймерами, специфічними для генів hMLH1 та hprt. Клітинні лінії LoVo та DLD-1, а також клітини SW48, оброблені протягом 48 год різними дозами 5-аза-2′-дезоксицитидину (2 мкМ та 10 мкМ аза), використовували як позитивний контроль для експресії hMLH1. Чотири HPrt - одноклітинні клони, отримані з клітинних ліній MSH6 (+/+) або (-/-), аналізували на експресію hMLH1. Одноклітинні клони 1 і 2 є мутантами з мутацією hprt із зсувом кадрів, а одноклітинні клони 3 і 4 є мутантами з мутаціями hprt із заміщенням основи.

Столи

Мутації гена hprt, виявлені в клітинних лініях MSH6 (+/+) та MSH6 (-/-)

Позиція * Мутація † Тип мутаціїEffectIncidence MSH6 (+/+) MSH6 (-/-)
28-2 a gAT- g gATПерехідПомилка сплайсингу1-
65T T T-T C TПерехідMissense (Phe → Ser)-1
98A3-A2ВидаленняЗсув кадру1-
133 A GG- G GGПерехідMissense (Arg → Gly)-1
146Т2-Т3ВставкаЗсув кадру-1
151 C GA- T GAПерехідНісенітниця (Arg → зупинка)-4
197Т Г Т-Т А ТПерехідMissense (Cys → Tyr)1-
202 C TC- T TCПерехідMissense (Leu → Phe)1-
207G6 – G7ВставкаЗсув кадру197
207G6 – G5ВидаленняЗсув кадру51
325C CA GT-CGTВидаленняЗсув кадру-1
385-2 a gAA-ggAAПерехідПомилка сплайсингу11
395A T T-A C TПерехідMissense (Ile → Thr)1-
404Г А Т-Г Г ТПерехідMissense (Asp → Gly)1-
419G G C-G T CТрансверсіяМіссенс (Глі → Вал)-1
421A4 – A5ВставкаЗсув кадру1-
454 C AG- T AGПерехідНісенітниця (Gln → зупинка)14
483А2 – А1ВидаленняЗсув кадру1-
496A4 – A3ВидаленняЗсув кадру1-
508 C GA- T GAПерехідНісенітниця (Arg → зупинка)617
532 + 1CT g t-CT a tПерехідПомилка сплайсингу-1
533-2 a gTT- g gTTПерехідПомилка сплайсингу2-
533−1a g TT-a t TTТрансверсіяПомилка сплайсингу11
568 Г ГА- Т ГАТрансверсіяНісенітниця (Глі → зупинка)-1
577 C TT - A TTТрансверсіяMissense (Leu → Ile)-1
580 G AC- A ACПерехідMissense (Asp → Asn)1-
582GA C -GA A ТрансверсіяMissense (Asp → Glu)11
610-2 a gCA - g gCAПерехідПомилка сплайсингу2-
610−1a g CA-a a CAПерехідПомилка сплайсингу1-
610 C AT- T ATПерехідMissense (His → Tyr)16
Разом5050

↵ * Мутовані нуклеотиди в області кодування HPrt вказані щодо кодону ініціації ATG. Інтронні мутації позначаються як положення кДНК мінус (-) або плюс (+) відповідна кількість нуклеотидів в інтронах.

↵ † Великі букви, послідовності екзонів; малі, інтронні послідовності; підкреслені, мутовані нуклеотиди.

Типи мутацій гена hprt, виявлені в клітинних лініях MSH6 (+/+) та MSH6 (-/-)