find.top.GO.slim.terms

Знайдіть найвищі збагачені терміни GO

Ця функція знаходить найвищі збагачені генні онтології (функціональні анотації) у списках генів.

функція

Використання
Аргументи

файл .xlsx, що містить списки наданих користувачем генів, або вказаних користувачем генів, або асоційованих генів, знайдених select.associated.genes () або select. асоційований.ортологи () .

верктор символів, що дає популяцію всіх генів.

символ, що вказує шлях до файлу відображення GO, який містить інформацію про відображення ідентифікаторів генів до термінів GO.

символ, що вказує ім'я файлу .txt для зберігання результатів роботи цієї функції: найвищі збагачені терміни GO у списках вхідних генів.

ціле число, що вказує кількість основних термінів GO, які повинні бути включені в результати. За замовчуванням 20.

вектор символів, що містить ідентифікатори GO всіх тонких термінів GO.

булеве значення, яке вказує, чи виводити теплову карту для найвищих збагачених GO тонких термінів. Теплова карта дає результати збагачення для всіх зразків GO тонких термінів, які принаймні збагачені одним біологічним зразком. Якщо теплова карта = ІСТИНА, ця функція виводить файл у форматі PDF із назвою "Найкращі збагачені терміни GO у зразках.pdf".

Деталі

Щоб скористатися цією функцією, завантажте файл відображення видів, що представляють інтерес, з веб-сайту http://geneontology.org/page/download-annotations. Переконайтесь, що цей файл знаходиться в робочому каталозі R, і встановіть GOmappingfile на ім'я файлу.

списки генів можуть бути як вихідним .xlsx-файлом select.associated.orthologs (), вихідним .xlsx-файлом select.associated.genes (), так і .xlsx-файлом того самого формату, що містить надані користувачем списки генів. Якщо користувачі хочуть використовувати гени, що перекриваються, або ортологи, що перекриваються, вони можуть знайти їх у вихідних файлах .xlsx файлів ws.trom (), ws.trom.orthologs () або bs.trom (). Користувачі можуть вибрати стовпці, які їх цікавлять, і ущільнити їх у новий файл .xlsx, а потім передати ім'я нового файлу .xlsx у списки gene_lists .

Користувачі можуть перевірити файл .txt output_file на результати найвищих збагачених термінів GO.

Значення

Список довжиною 6 \ (\ разів \) (кількість біологічних зразків). Елементи списку впорядковані відповідно до біологічних зразків, наприклад, перші 6 елементів у списку відповідають першій пробі і т. Д. Для кожної проби існують

вектор символів, що дає найвищі тонкі ідентифікатори GO.
вектор символів, що дає відповідні верхні GO тонкі терміни.
вектор, що вказує кількість випадків найпопулярніших ідентифікаторів GO серед населення.
вектор, що дає спостережувану кількість випадків найвищих тонких ідентифікаторів GO у зразку.
вектор, що надає очікувану кількість випадків найвищих тонких ідентифікаторів GO у зразку.
вектор символів, що дає р-значення з гіпергеометричного тесту.

Список літератури

Li WV, Chen Y та Li JJ (2016). TROM: Метод, заснований на тестуванні, для пошуку транскриптомічної подібності біологічних зразків. Статистика в біологічних науках. DOI: 10.1007/s12561-016-9163-y

Li JJ, Huang H, Bickel PJ, & Brenner SE (2014). Порівняння стадій розвитку D. melanogaster та C. elegans, тканин та клітин за даними modENCODE RNA-seq. Дослідження геному, 24 (7), 1086-1101.